Ngư dân người Việt sinh sống tại đảo Thổ Châu từ thế kỉ 18.[10] Sở dĩ trên đảo có địa danh bãi Ngự là vì đây là nơi chúa Nguyễn Ánh thường ra ngắm cảnh và bàn việc quân sự. Trong hành trình trốn quân Tây Sơn, rất nhiều lần chúa Nguyễn Ánh và gia quyến (mẹ, vợ, thuộc hạ,...) đã đến đây.[11][12]

Năm 1777, Nguyễn Huệ dẫn quân Tây Sơn truy sát các chúa Nguyễn, hai chúa Phúc Thuần và Phúc Dương đều bị giết. Riêng chúa Phúc Ánh chạy thoát rồi ra đảo Thổ Châu tạm lánh nạn (khi ấy 15 tuổi).[12]

Năm 1782, Nguyễn Ánh gặp Bá Đa Lộc tại bãi Ngự.

Năm 1783-1784, anh em Nguyễn Lữ, Nguyễn Huệ lại truy sát Nguyễn Ánh. Ông phải ra đảo Thổ Châu.

Năm 1785, sau khi thất bại trong trận Rạch Gầm - Xoài Mút, Nguyễn Ánh và thuộc hạ rút chạy về Cà mau và lui ra đảo Thổ Châu. Tướng Phan Tiếp Phận của Tây Sơn truy kích Nguyễn Ánh tại đây khiến ông phải chạy tiếp sang Xiêm.[11]

Năm 1822, đại sứ nước Anh John Crawfurd trên hành trình đi sứ Xiêm và Cochin China [Việt Nam] đã ghé thăm và khám phá đảo Thổ Châu.[13] Ngày 17 tháng 8 năm 1822, sau khi rời Băng Cốc, Crawfurd đi tới đảo Cin hoặc Kwi [đảo Wai]. Tới ngày 20, ông đến quần đảo Pulo Panjang [Thổ Châu]. Đảo lớn Panjang dài cỡ 3 dặm, nhóm đảo này có tất cả bảy đảo. Tên gọi của chúng là theo tiếng Mã Lai, nghĩa là đảo dài.[14]

Một sự kiện khác là năm 1872, sau khi khởi nghĩa chống thực dân Pháp thất bại thì anh em Đỗ Thừa Luông, Đỗ Thừa Tự cũng có thời gian trốn trên đảo.[10]

Thời Việt Nam Cộng hòa, trên đảo có khoảng 150 nóc gia, trong đó phần lớn là những hậu duệ của binh sĩ từ thời chúa Nguyễn tự rã ngũ hoặc về hưu nhưng không muốn trở lại đất liền.[10] Hiện giờ không còn các hậu duệ này tại đây nữa.[15]

Ngày 10 tháng 5 năm 1975, Khmer Đỏ tiến chiếm đảo Thổ Châu, bắt và đã giết hại 528 người dân.[10] Ngày 24 tháng 5, Việt Nam khởi sự tấn công và thu hồi lại đảo vào ngày 27 cùng tháng. Năm 1977, một lần nữa Khmer Đỏ tấn công đảo này nhưng đã bị tiêu diệt hoàn toàn.[8]

Ngày 27 tháng 4 năm 1992, Uỷ ban Nhân dân tỉnh Kiên Giang đưa sáu gia đình với khoảng ba mươi người đang cư ngụ tại xã Kiên Hải ra đảo Thổ Châu để lập nghiệp. Ngày 24 tháng 4 năm 1993, Chính phủ Việt Nam quyết định tái lập xã đảo Thổ Châu[7] để quản lý quần đảo.

Ngày 19/7/2017, HĐND tỉnh Kiên Giang thành lập Đề án lập mới huyện đảo Thổ Châu từ xã Thổ Châu của huyện đảo Phú Quốc để trình lên Chính phủ.